目前 ，医药零售仍以连锁门店模式为主，同时 ，随着新医改的推行 ，存在少量医院药房托管模式 ，未来还将随着电子商务技术的应用发展网上药店模式 ，形成多种模式并存的局面。
（1）连锁门店模式
产业信息网发布的《2013-2018年中国医药零售产业全景调研及投资战略研究报告》
对于我国医药流通行业中的零售企业 ，一般分为连锁经营和单店经营两种模式。根据统计数据，截至2012年底 ，我国零售连锁企业3,107家 ，下辖连锁药店15.26万家 ，零售单体药店27.11万家，连锁率仅36.02％ ，而美国零售药店连锁率已经达到74.20％。与单店相比 ，连锁药店具备规模经济 、与供应商议价能力强、品牌、规范化及专业化管理优势 ，已成为医药零售业的发展趋势 。
连锁经营模式主要又分为直营连锁和特许经营连锁两种方式 ：
直营连锁指的是连锁公司的店铺均由公司总部全资或控股开设，在总部的直接领导下统一经营 。总部对各店铺实施人 、财 、物、信息等方面的统一经营。直营连锁利用连锁组织集中管理 、分散销售的特点，充分发挥了规模效应，而且企业能对其具有较强的约束控制力 ，有利于保证品牌形象和服务质量的一致性
特许经营是指特许者将自己所拥有的商标、商号、产品 、专利和专有技术、经营模式等以特许经营合同的形式授予被特许者使用 ，被特许者按合同规定 ，在特许者统一的业务模式下从事经营活动，并向特许者支付相应的费用 。特许经营是一种松散的连锁模式，总部对门店的协调和控制难度较大 ，实际运营中可能发生较高的成本 ，公司的品牌形象亦存在一定的风险。
（2）药房托管模式
随着医疗体制改革和药品流通制度改革的推进 ，逐步建立完善的社区卫生服务体系、实现医药分离是必然趋势 ，这种趋势下 ，一方面，社区卫生服务站将成为零售药店的竞争对手；另一方面 ，由此而生的药房托管模式亦为医药零售企业提供了进驻社区的良好机遇 。
药房托管是指医疗机构通过契约形式，在药房所有权不发生变化的情况下 ，将药房交由具有较强经营管理能力 、并能够承担相应风险的医药流通企业进行有偿经营和管理 。药品商业企业与医院签订的托管合同 ，医疗机构将药品收入的一定比例支付给受托方 ，剩余归医疗机构所有 。目前 ，该模式仅在南京等部分区域试行 ，尚未大规模推广 。
（3）网络药店模式
2005年 ，国家药监局公布了《互联网药品交易服务审批暂行规定》（国食药监市[2005]480号） ，规定从事互联网药品交易服务的企业必须经过审查验收并取得互联网药品交易服务机构资格证书 ，这标志着我国已经许可在网上经营药品零售业务 。
截至2014年5月 ，取得互联网药品交易资格证的企业已达261家，其中获得B2C模式（企业向个人消费者提供药品）的网上售药资格的药店由2010年底的21家增至187家 ，网络药店的发展是医药零售企业发展的趋势之一 。
4 、盈利模式
医药零售企业主要通过所经营商品的进销差价和向上游供应商收取服务费等方式盈利 。
(1）商品的进销差价
一般医药零售企业的利润主要来自商品的进销差价。根据商品进销渠道和进销差价的高低 ，可分为较低毛利的常规品种和较高毛利的代理品种 。
常规品种主要为供应商对终端普遍供应的品种，此类品种供应商未对渠道进行分类管理，价格透明度较高 ，零售终端竞争比较激烈，进销差价较低，同时此类品种销售规模较大、消费者认知度较高 ，能够吸引较大的客流。
代理品种指供应商对渠道进行了分类管理 ，医药零售企业能够获得供应商产品的全国或部分区域的独家或多家代理权，此类品种供应商减少了产品流通中间环节和终端推广市场费用 ，医药零售企业可以赚取更多的进销差价 。其中医药零售企业拥有商标权的代理品种一般称为医药零售企业的自有品牌品种 。
在医药零售企业经营之初 ，企业首先判断周边经济发展情况及消费者习惯 ，主要以常规品种为主 ，满足各种人群对药品的基本需求 。在医药零售企业逐步被消费者认可并形成一定的规模后 ，通过自身的渠道优势和品牌优势，逐步加大代理品种的比例 ，从而提升自身的利润水平。
同时，不同的品类 ，如药品 、医疗器械和保健品的毛利水平也不尽相同 ，一般来说 ，医疗器械和保健品的毛利率水平相对更高 。
（2）向上游供应商收取服务费
药品供应商在市场销售过程中需要医药零售药店的营销配合 ，特别是终端产品同质化竞争越来越激烈，供应商通过向药店支付服务费的形式来换取药店的促销服务及其它管理服务，如新产品的推广及特殊陈列促销等 。
该等服务费与零售连锁企业的市场影响力及销售规模成正向关系 ，药品供应商往往愿意向具备市场影响力及销售规模的零售连锁企业支付更多的服务费来换取零售连锁企业的服务支持 。零售企业通过为产品制造商提供终端陈列 、广告、促销、收集顾客对产品建议等服务 ，让产品制造商能够及时把握市场走向、改进产品 、增强对消费者的吸引力 ，实现双方的共赢。
